Байгууллагуудын хамтын ажиллагааны түншлэл анх 1999 оноос эхэлсэн. 1999 - 2005 онд хамтын ажиллагааны төсөл нь МҮХАҮТ-ын чадавхийг бэхжүүлэхэд чиглэж байсан. Ялангуяа шинэ үйлчилгээ нэвтрүүлэх, үйлчилгээний чанарыг сайжруулах, бизнестэй холбогдолтой сургалтуудыг зохион байгуулах болон орон нутагт салбар танхимуудыг шинээр байгуулахад дэмжлэг үзүүлсэн.
2006 - 2013 Хамтын ажиллагааны шинэ төсөл нь орон нутгийн эдийн засгийн хөгжлийг дэмжихэд чиглэсэн. Төслийн хүрээнд орон нутгийн салбар танхимаар дамжуулан хөдөөгийн бизнес эрхлэгчдийг дэмжих, ажлын байр нэмэгдүүлэх замаар ядуурлыг бууруулах жижиг төслүүд хэрэгжүүлсэн. Төслийн үр дүнд орон нутгийн танхимуудын нийт гишүүдийн тоо 2006 онд 950 байснаас 2012 онд бараг 2200 болон нэмэгдсэн. Түүнчлэн орон нутагт 450 гаруй ажлын байр бий болсон ба 2000 гаруй иргэд төрөл бүрийн сургалтанд хамрагдан тодорхой хэмжээгээр орлогын эх үүсвэртэй болох чадавхитай болсон.