Байгууллагуудын хамтын ажиллагааны түншлэл анх 1999 оноос эхэлсэн. 1999-2005 онд хамтын ажиллагааны төсөл нь МҮХАҮТ- ын чадавхийг бэхжүүлэхэд чиглэж байсан. Ялангуяа шинэ үйлчилгээ нэвтрүүлэх, үйлчилгээний чанарыг сайжруулах, бизнестэй холбогдолтой сургалтуудыг зохион байгуулах болон орон нутагт салбар танхимуудыг шинээр байгуулахад дэмжлэг үзүүлсэн.